Первое упоминание этой местности относится к концу XIV в., когда через неё проходили русские рати, направлявшиеся на Куликово поле. В этот период село Котел было местом встреч различных лиц, прибывавших в столицу. В 1390 г. на Котле великий князь Василий I торжественно встретил митрополита Киприана, приехавшего в Москву. В 1543 г. здесь существовало село Никольское, принадлежавшее Симонову монастырю и исчезнувшее затем к началу Смутного времени.

В 1591 г. во время татарского набега на Москву на Котле стояли полки Бориса Годунова. В конце мая 1606 г. здесь сожгли труп Лжедмитрия I, а в декабре того же года во время сражения восставших крестьян И. Болотникова с войсками царя Василия Шуйского село Котлы было полностью уничтожено. Последний раз боевые действия велись здесь в 1618 г. во время осады города польским королевичем Владиславом.

Всё это привело к запустению этих мест, и в конце 1620-х годов писцы зафиксировали в Чермневе стану лишь «пустошь, что было сельцо Козино, Копытово тож, на речке на Котле», входившую в состав поместья Афанасия Осиповича Прончищева.
Он был довольно видной личностью. Сначала служил при дворе, сопровождал царя в поездках по стране. Вскоре проявил себя и на дипломатическом поприще. В 1632 г. Прончищев вместе с дьяком Бормосовым был отправлен в Константинополь, чтобы склонить султана к участию в русско-польской войне на стороне России. В турецкой столице послам пришлось провести всю зиму — переговоры шли трудно, турки не хотели ввязываться в войну, и только весной Прончищеву удалось добиться определённого успеха. Но неожиданный случай разрушил предполагавшийся союз Москвы с султаном. Послы уже сели на корабль, собираясь отправиться домой, когда пришло известие о нападении казаков на турецкое побережье Чёрного моря. Задержанному для допроса Прончищеву удалось убедить визиря, что речь идёт не о донских казаках, подданных России, а о запорожских; в итоге послы были всё же отпущены с миром. Но судьбе было угодно вновь сыграть с Афанасием Осиповичем злую шутку: разыгравшаяся буря пригнала судно как раз к тому самому разгромленному турецкому берегу, и послы с большим трудом избежали смерти от рук местного населения.

Обустраивая свое подмосковное поместье, Прончищев поставил на пустоши около речки Котел небольшую усадьбу, в которой поселил челядь, а затем построил здесь деревянную церковь во имя Николая Чудотворца, по которой селение стало именоваться Никольским. Переписная книга 1646 г. описывает эти места следующим образом: «Село Никольское, что была пустошь Козино, Копытово тож, на речке Котле, а в селе церковь Николая Чудотворца, да Зосимы и Савватия Соловецких чудотворцев, у церкви во дворе поп Сидор Спиридонов, двор церковного бобыля; на другой стороне речки Котла двор вотчинников с деловыми его людьми».

После смерти Афанасия Осиповича в 1660 г. село Никольское досталось его сыну Ивану Афанасьевичу Прончищеву (умер в 1687 г.). Идя по стопам отца, он начал свою службу дипломатом. Одновременно служил и при дворе, участвовал в войне с Польшей, затем возглавлял приказы Большой Казны, Монастырский, Большого Прихода, был воеводой в Казани, а в середине 70-х годов XVII в. руководил Разбойным приказом.

Небольшая деталь даёт яркое представление о характере этого человека. В 1657 г. с окольничим Богданом Матвеевичем Хитрово он был послан на Украину, где и вздумал местничаться с ним — кто главнее? Иван Афанасьевич предпочёл отсидеть в тюрьме, но не «порушить своей чести». При этом он доехал до места заточения в санях, а не пришёл туда, как полагалось, пешком. По возвращении в Москву по личному приказу царя он был бит батогами и должен был выплатить громадный штраф в 500 рублей за то, что доехал до тюрьмы в санях. «И ты, детина, — читаем в царском указе, — забыв свою худую породу, до тюрьмы ехал в санях, чего из давних лет не повелено; а которые превеликие господа твои, бояре и окольничие и думные и ближние люди от великого государя за опалу посланы бывают в тюрьму, и те до тюрьмы ходят пешие, а на лошадях и в санях не ездят».

При Иване Афанасьевиче, в середине 70-х годов XVII в., здесь строится каменная церковь Знамения Богородицы с приделом Николая Чудотворца, и по описанию 1678 г. село именуется уже тройным именем — Знаменское, Никольское, Козино тож. Тогда в селе кроме усадьбы с дворовыми людьми стояли ещё девять дворов.

В конце XVII в. село продолжает оставаться в роду Прончищевых. Одной его половиной владели сын Ивана Афанасьевича — Пётр Иванович (умер в 1700 г.) и внук Иван Петрович Прончищевы, а другой — Александр Тимофеевич Ржевский, женатый на Анне Михайловне, урождённой Прончищевой (внучке Ивана Афанасьевича). По описанию 1704 г., в селе отмечены две усадьбы с 13 дворовыми людьми и 17 крестьянских дворов, где жили 58 человек. На правой стороне Большой Серпуховской дороги отмечены дворы, в которых жили задворные «деловые» люди, обслуживавшие проезжавших.

Александр Тимофеевич Ржевский в 1742 г. отдал свою часть дочери Анне Александровне, которая вышла замуж за президента Вотчинной коллегии князя Ивана Михайловича Одоевского. С этого времени Верхние Котлы стали собственностью Одоевских. С 1756 г. им владел их сын князь Сергей Иванович Одоевский.

В 1766 г. село Никольское с 89 душами мужского пола упоминается уже во владении княгини Анны Александровны Голицыной, урожденной Головиной. Затем, согласно церковным клировым ведомостям 1785 г., его владельцем становится обер-гофмаршал князь Николай Михайлович Голицын, муж сестры бездетной А.А. Голицыной и дальний родственник её мужа, которому наследует его сын Александр, известный богач-расточитель по прозвищу Cosa rara. Голицыны перестраивают старую церковь, делают новую колокольню. Интересен был иконостас храма. В результате своего мотовства А.Н. Голицын в конце концов разорился. Владения его были проданы. Село Никольское с окрестностями перешло к другим владельцам: в 1810 г. — к Ордольяновым, а затем с 1835 г. к их родственникам Андреевым и к Калашниковым.

Непосредственно перед освобождением крестьян в 1861 г. Верхними Котлами владели Н.А. Калашников и М.Н. Андреев. Калашниковские крестьяне довольно быстро смогли выкупиться у помещика, отдав в качестве выкупа ему свои сады, которые славились на всю округу. Помимо сельского хозяйства здешние крестьяне активно занимались и извозом, а также и торговлей лошадьми.

В середине XIX в. после прокладки железной дороги Верхние Котлы становятся дачной местностью. Однако близость к городу, наличие хороших путей сообщения привели к тому, что здесь быстро начинает развиваться промышленное производство. Уже в 50-е годы XIX в. при Верхних Котлах, в которых тогда значилось 46 дворов и 139 душ мужского пола и 142 женского, зафиксировано четыре завода. Позднее их количество быстро увеличивается. В 1896 г. здесь открывается шёлкокрутильная фабрика торгового дома «Катуар и сыновья», на которой в 1916 г. работало 600 человек. Её появление было не случайным. Представители этого рода обосновались здесь ещё в 1871 г., когда один из здешних участков был продан потомственным почётным гражданам К.И. и Л.И. Катуарам и их матери (к этой семье принадлежал известный коллекционер и благотворитель Л.Л. Катуар). Здесь они устроили свою усадьбу и даже проложили к ней шоссе, которое стало называться Катуаровским, а в 1940-х годах было переименовано в Нагорную улицу. В 1899 г. в этой же округе был открыт кирпичный завод З.А. Якобсона.

С 1930-х годов Верхние Котлы вошли в черту города. Тогда же местная церковь была закрыта и приспособлена под клуб. Затем вместе с кладбищем и остатками усадебного парка храм был полностью уничтожен. С 1966 г. эти места стали районом массовой жилой застройки.

По материалам книги Аверьянова К.А. «История московских районов».